Chaque année de nombreux inventaires sont réalisés pour mesurer l’effet de la protection mais également l’effet de la gestion sur les espèces et les milieux. Ces suivis sont effectués en mettant en place des protocoles standardisés afin qu’ils puissent être reconductibles à l'avenir dans le but d'apporter des éléments solides sur l'évolution des habitats et des populations.
Quelques exemples :
- Suivi des oiseaux d'eau hivernants et migrateurs
- Suivi de la reproduction des oiseaux
- Suivi des odonates
- Suivi de la végétation aquatique
- Suivi de l'évolution des roselières.